本发明公开了一种中空薄壁管件旋拧设备及其运行方法，包括电机、减速机、卡盘、下装卡机构、下堵头机构、灌砂装置；电机和减速机固定在立式机架的一侧，减速机连接第一连接板，第一连接板通过连杆与第二连接板连接，第二连接板下表面固定设置卡盘；在立式机架的光轴和丝杠上设置有第一升降架和第二升降架，第一升降架固定设置下装卡机构，第二升降架固定设置下堵头机构；灌砂装置包括漏斗、储砂灌和软管，漏斗通过滑轨滑动连接在第一连接板和第二连接板之间的连杆上，储砂灌固定在立式机架上，储砂灌下端与软管连接；使用时，将薄壁方管装卡在卡盘和下装卡机构上，下堵头机构封堵薄壁方管下端口，通过灌砂装置向其内部注入铁砂，进行扭拧加工。